Основные задачи бухгалтерии включают в себя ведение бухгалтерского, налогового и управленческого учета, формирование и сдачу отчетности, взаимодействие с государственными органами и осуществление платежей.

Основные функции бухгалтерии охватывают формирование учетной политики, подготовку документов и отчетности, предоставление информации о деятельности Института, учет операций и имущества, участие в анализе деятельности и внедрение информационных систем.

Структура и порядок формирования бухгалтерии определяются штатным расписанием, руководством главного бухгалтера и должностными инструкциями, утверждаемыми директором Института.