Функции управления включают проведение научных исследований в области медицинской реабилитации, курортологии и смежных отраслях медицины. Основной задачей является активное участие в конкурсах на выполнение научно-исследовательских работ, финансируемых за счет государственного бюджета в форме базового, грантового и программно-целевого финансирования, а также коммерциализация результатов научной и научно-технической деятельности.
Управление обеспечивает практическое применение полученных результатов исследований. Это выражается в подготовке и публикации научных статей в рецензируемых отечественных и зарубежных изданиях с ненулевым импакт-фактором, разработке охранных документов (свидетельства авторских прав на объекты интеллектуальной собственности, патенты на полезную модель и изобретения), регистрации товарных знаков и брендов, а также авторском надзоре и оказании технической помощи при внедрении разработок в практику.
Важным направлением деятельности является проведение научно-исследовательских работ по разработке медицинских технологий применения различных препаратов и их комбинаций с другими биологическими факторами — минеральными водами, экстрактами лечебных грязей и лекарственными травами. Также проводятся комплексные исследования природных лечебных ресурсов Республики Казахстан (гидроминеральных и грязевых) с целью их последующего курортного и внекурортного освоения.
Отдел занимается разработкой научных основ рационального природопользования на территории Республики Казахстан, способствуя сохранению и эффективному использованию уникальных природных ресурсов страны в лечебно-профилактических целях.